Azkenean, 1937an, tropa nazionalak berehalako iritsiko zirelakoan, Iparraldeko Armadako Ingeniarien Batailoiak agindu bat jaso zuen: Ibaizabal gurutzatzeko bide guztiak suntsitzea, Francoren tropek aurrera egin zezaten saihesteko. Ekainaren 17ko goiznabarrean, leherketa handi batek herio zauria eragin zion Bizkaia Zubiari, eta haren zeharraga itsasadarreko uretara jausi zen. Paradoxikoa bada ere, hilabete beraren 22an, bost egun geroago, gerra amaitu zen Bilboko Frontean.
Erregimen berria Zubia administratzen hasi zen. Horren lekukotza ikus daiteke garai hartako jatorrizko dokumentu honetan:
BORROKALARIAK LANERA ITZULARAZTEKO PROBINTZIA BATZORDEA
Batzorde honetara (Rodriguez Arias, 8, 2.a; Laneko Lurralde Ordezkaritzaren lokala) etor bitez, hilabete honetako 15ean, astelehenez, goizeko 11:00etan, entitate horretan 1936ko uztailaren 18a eta gero sartutako langileen zinpeko zerrenda batekin, non izen-deiturez gainera, adina, kargua eta lan horretan hasteko inguruabarrak (borrokalari ohia, elbarria eta abar) adierazi beharko diren.
Jainkoaren, Espainiaren eta Iraultza Nazional-Sindikalistaren alde.
Bilbon, 1942ko uztailaren 10ean.
KOMANDANTE BURUA
[zigiluaren gainean]
AGUR FRANKORI
¡¡GORA ESPAINIA!!
Lanak Hasten Dira
Zubia suntsitu eta ondorengo egunetan, itsasadarra dragatzeko lanak hasi ziren, Sestaoko Bizkaiko Labe Garaietarainoko eta Ibaizabalen ibaiertzetan kokatutako gainerako industrietarako nabigazioa bideratzeko. Berreraikitzerako oraindik ere bi urte pasako ziren. Derrigortutako atsedenaldi hori izan da Bizkaia Zubiak mende bat baino gehiagoko bizialdian izan duen opor garai bakarra.
1939ko abuztuaren 5ean, Bizkaiko Herri-lanen Burutzako Zubien Bulegoak 3880. Agindua eman zuen, zeinaren bidez onartzen baitzen Bizkaia Zubia berreraikitzeko proiektua. Bide ingeniari Juan José Aracil jauna arduratuko zen berreraikitze prozesuaz, eta zenbait aldaketa egingo zituen jatorrizko zubian.
Arkitekto Berriak
Berreraikitzea onesteko eman ziren aginduetan ezarritako baldintzetatik etorri ziren aldaketa nagusiak. Horien artean, honakoak zeuden: esekitze-sistema, oholtza eta zeharragak eta goiko gurditxoa.
Obretan ez zen aparteko gorabeherarik gertatu, obrak amaitu baino egun gutxi batzuk lehenago izan ziren haizete bortitzak kenduta, eta horiek ere ez zuten aparteko arazorik sortu. Azkenean, 1941eko ekainaren 19an, berreraikitzea hasi eta bi urte baino gutxixeago iraganda, zerbitzua berriz inauguratu zen.